A Secretaria de Diaconia, na estrutura ministerial da IPI do Brasil, é a responsável por levar às igrejas locais ferramentas práticas e teóricas que possibilitem um maior engajamento e eficiência no trato das questões sociais.
Fazem parte das preocupações desta secretaria: conscientizar o trabalho diaconal das igrejas locais sobre voluntariado, políticas sociais, meio ambiente, cidadania etc.
A Secretaria de Diaconia tem também por atribuição promover eventos nacionais, sinodais e presbiteriais que mobilizem as igrejas locais para o trabalho diaconal.