A Secretaria de Transparência e Ouvidoria foi criada pela Assembleia Geral da IPI do Brasil em sua reunião ordinária de 2019, com as seguintes importantes finalidades:
1) Controlar os atos da administração, verificando se estes estão em conformidade com a legislação brasileira e eclesiástica;
2) Verificar se as decisões da Assembleia Geral e sua Comissão Executiva estão sendo cumpridas;
3) Acompanhar os processos de licitação e execução de contratos e serviços;
4) Dar publicidade aos atos praticados pela gestão, as contas e os projetos realizados, mostrando a real situação da igreja a todos seus membros;
5) Atuar como um canal de comunicação entre a administração da IPI do Brasil e seus membros, conselhos de igrejas locais, presbitérios e sínodos, através da Ouvidoria.