As atribuições da Secretaria Pastoral dizem respeito ao cuidado da saúde ministerial dos pastores e pastoras da IPI do Brasil. Neste sentido, cabe à Secretaria Pastoral atender e/ou encaminhar pastores e pastoras em necessidades especiais para tratamento, conforme a necessidade.
Dentro desta premissa do cuidado ministerial, a Secretaria Pastoral também é a responsável por desenvolver, em conjunto com a Secretaria de Educação Teológica, o Programa de Educação Continuada de Ministros, além de acompanhar os trabalhos do Núcleo de Apoio ao Ministério Feminino (Reva. Priscila Rocha Madeira Kume) e o Núcleo de Apoio a Famílias de Pastores e Pastoras (Rosana Salviano da Silva Salabai Barbosa)
Para que seus objetivos sejam alcançados, a Secretaria Pastoral promove congressos e encontros presbiteriais, sinodais e nacionais.